A Transparency International Magyarország meggyőződése szerint a korrupció elleni fellépés záloga az lenne, hogy a politika ne avatkozhassék be illetéktelenül az ügyészség és a bíróságok működésébe. Ennek a feltételei Magyarországon jelenleg nem teljes körűen adottak.
A 2011-ben kialakított új bírósági szabályozás átalakította és az Országos Bírósági Hivatal (OBH) alá rendelte a bírósági igazgatást. Ez ürügyül szolgált Baka Andrásnak, a Legfelsőbb Bíróság akkori elnökének idő előtti eltávolításához. A korábbi főbíró eltávolításáról a Strasbourgban működő Emberi Jogok Európai Bírósága megállapította, hogy az ellentétes volt az Emberi Jogok Európai Egyezményével.
Az OBH elnöke széles körű jogosítványokkal rendelkezik a bíróságok felett és eredetileg arra is joga volt, hogy egyedi ügyeket a törvény által rendelt bíróság helyett más bíróságra áthelyezzen. Az Európa Tanács alapvető alkotmányos jogok védelmével foglalkozó testülete, a Velencei Bizottság megállapította, hogy az egyedi ügyek áthelyezése önkényes, politikailag motivált döntéseket is lehetővé tesz. Ez sérti a törvényes bíróhoz való jogot és emiatt összeegyeztethetetlen a tisztességes eljáráshoz való alapvető joggal. A magyar Alkotmánybíróság ugyanerre a következtetésre jutott. Bár az Országgyűlés 2013-ban eltörölte az ügyáthelyezés lehetőségét, az OBH elnöke továbbra is meghatározó szerepet játszik a bíróságok életében és befolyásolhatja a bírák kinevezését is. Bár a bírói kinevezésekhez hozzá kell járulnia a választott tagokból áll Országos Bírói Tanácsnak is, az OBH elnöke eredménytelenné nyilváníthatja a pályázati eljárást, amivel felülírhatja az Országos Bírói Tanács álláspontját.
A bírósági igazgatás átszervezésével párhuzamosan a korábbi 70. életévről a 62. életvére csökkentették a bírák nyugdíjkorhatárát. Ez a rendelkezés lehetővé tette szinte a teljes bírósági vezetés személycseréjét, mivel a bíróságok vezetőinek zöme az idősebb korosztályokból került ki. A magyar kormány ebben a kérdésben is veszített, ezúttal az Európai Unió Luxemburgban működő Bírósága ítélte úgy, hogy Magyarország megsértette a vonatkozó európai uniós irányelvet.
Az elkeserítő intézményi változások veszélyeztetik a bíróság függetlenségét, ugyanakkor eddig nem jártak a bíróságok teljesítményének az érzékelhető romlásával. A Világgazdasági Fórum Magyarország versenyképességét vizsgáló felmérése és a TI Magyarország tapasztalatai egyaránt azt támasztják alá, hogy a bíróságok jelentős mértékben megőrizték az autonómiájukat. Nincsen arra utaló bizonyíték, hogy a bírák elfogultak lennének a kormány javára, sem arra utaló adat, hogy egyedi ügyekben bárki ténylegesen befolyásolná a bírók ítélkezési tevékenységét.
A bíróságok mellett az ügyészség is fontos szereplője az igazságszolgáltatásnak. A vádhatóság pártatlansága és befolyástól mentes munkája sokkal nagyobb veszélyben van, mint a bíróságoké. Az ügyészségi szervezetet a legfőbb ügyész vezeti, akit az Országgyűlés kétharmados többséggel választ kilenc évre. A legfőbb ügyész rendkívül kiterjedt jogosítványokkal rendelkezik az ügyészség működésének és az egyes ügyészek tevékenységének az irányítására. Szinte korlátlanul utasíthatja az ügyészeket, és joga van arra is, hogy bármely ügyet az előadó ügyésztől indoklás nélkül magához vonjon, vagy más ügyészre szignáljon át. A legfőbb ügyészt megillető ennyire széles és ellenőrizetlenül gyakorolható irányítási jogkör veszélyezteti a tisztességes eljáráshoz való jog érvényesülését.
Mivel az ún. negatív érdemi döntések, azaz a feljelentés elutasítása vagy a nyomozás megszüntetése elleni panasz elbírálása az ügyészségen belül marad, az ügyészségnek lehetősége van arra, hogy megakadályozza a bírósági ítélethozatalt. Ha az ügyészség nem emel vádat, nem érvényesül a tisztességes és nyilvános tárgyaláshoz, valamint a független, pártatlan és törvényes bíróhoz való alapvető jog.
Mivel minden egyes ügyész köteles teljesíteni a végsősoron a legfőbb ügyésztől eredő hierarchikus utasításokat, a legfőbb ügyész akadálytalanul tudja érvényesíteni a befolyását. Ezzel szemben a legfőbb ügyészt senki nem utasíthatja és nincsen ésszerűen igénybe vehető jogi megoldás a felelősségre vonására. Kilencéves mandátumának a lejártát megelőzően csak akkor lehetne eltávolítani, ha a bíróság bűntett elkövetése miatt jogerősen elítélné, ám ehhez arra lenne szükség, hogy előbb kezdeményezze saját mentelmi jogának a felfüggesztését. Ráadásul a legfőbb ügyész mindaddig hivatalban marad, amíg a Parlament, szintén kétharmados többséggel, nem választja meg az utódját. Ez azt jelenti, hogy az országgyűlési képviselők egyharmada blokkoló kisebbségként az idők végezetéig hivatalban tudja tartani a jelenlegi legfőbb ügyészt.
A Velencei Bizottság kifejezte aggodalmát, a “legfőbb ügyész kiemelkedő függetlensége, valamint a többi ügyész feletti hierarchikus irányítási jogosítványai” miatt, és ennek korrigálására az ügyészség szervezetén belül fékek és ellensúlyok kiépítését javasolta. Az Európai Tanács Magyarországot is a sorai között tudó Korrupció Elleni Országok Csoportja (GRECO) pedig arra jutott, hogy az „ügyészségre vonatkozó jogszabályok számottevően növelik a legfőbb ügyész megválasztásának politikai befolyásolhatóságát”. Ezért a GRECO „annak a szabálynak a felülvizsgálatát javasolta”, amely alapján a legfőbb ügyész a mandátumának lejárata után is hivatalban maradhat, amennyiben nem választják meg az utódját. A GRECO továbbá azt is tanácsolta, hogy az „önkényes döntések elkerülése érdekében” az egyedi ügyeknek az ügyésztől történő elvonására szigorú feltételeket írjanak elő.
