A Transparency International Magyarország (TI) meggyőződése szerint a korrupció elleni fellépés egyik záloga az lenne, hogy a politika ne avatkozhassék be illetéktelenül az ügyészség működésébe. A magyar vádhatóság pártatlansága és befolyástól mentes munkája azonban jelenleg veszélyben van. Az ügyészségi szervezetet a legfőbb ügyész vezeti, akit az Országgyűlés kétharmados többséggel választ kilenc évre. A legfőbb ügyész rendkívül kiterjedt jogosítványokkal rendelkezik az ügyészség működésének és az egyes ügyészek tevékenységének az irányítására, aminek birtokában meghatározó befolyást tud gyakorolni egyedi ügyekre is.

A legfőbb ügyész szinte korlátlanul utasíthatja az ügyészeket, és joga van arra is, hogy bármely ügyet az előadó ügyésztől indoklás nélkül magához vonjon, vagy más ügyészre szignáljon át. Ezzel szemben a legfőbb ügyészt senki nem utasíthatja és nincsen ésszerűen igénybe vehető jogi megoldás a felelősségre vonására. Kilencéves mandátumának a lejártát megelőzően csak akkor lehetne eltávolítani, ha a bíróság bűntett elkövetése miatt jogerősen elítélné, ám ehhez előbb kezdeményeznie kellene saját mentelmi jogának a függesztését. Ráadásul a legfőbb ügyész mindaddig hivatalban marad, amíg a Parlament, szintén kétharmados többséggel, meg nem választja az utódját. Ez azt jelenti, hogy az országgyűlési képviselők egyharmada blokkoló kisebbségként az idők végezetéig hivatalban tudja tartani a jelenlegi legfőbb ügyészt.

Az ügyészség külső szereplők által egyáltalán nem ellenőrizhető intézkedései az ún. negatív érdemi döntések, azaz a feljelentés elutasítása és a nyomozás megszüntetése. Az ilyen határozatok elleni panaszt – már ha egyáltalán lehetőség van jogorvoslat előterjesztésére – az ügyészségen belül bírálják el. A feljelentés elutasítása, illetve a nyomozás megszüntetése útján az ügyészségnek lehetősége van arra, hogy senki által nem számonkérhetően megakadályozza a bírósági ítélethozatalt. Ha az ügyészség nem emel vádat, nem érvényesül a tisztességes és nyilvános tárgyaláshoz, valamint a független, pártatlan és törvényes bíróhoz való alapvető jog.

A TI az ügyészség átláthatóságát értékelő 2013-as tanulmányában arra a következtetésre jutott a „felettes ügyészek korlátlan utasításadási joga, az írásbeliség hiányának lehetősége és az egyedi ügyek eljáró ügyésztől történő elvonása jelentős mértékben kikezdik az egyes ügyészek függetlenségét, szakmai autonómiáját”.

Az Európa Tanács alapvető alkotmányos jogok védelmével foglalkozó testülete, a Velencei Bizottság is kifejezte aggodalmát, a “legfőbb ügyész kiemelkedő függetlensége, valamint a többi ügyész feletti hierarchikus irányítási jogosítványai” miatt, és ennek korrigálására az ügyészség szervezetén belül „fékek és ellensúlyok kiépítését” javasolta. Az Európai Tanács Magyarországot is a sorai között tudó Korrupció Elleni Országok Csoportja (GRECO) pedig arra jutott, hogy az „ügyészségre vonatkozó jogszabályok számottevően növelik a legfőbb ügyész megválasztásának politikai befolyásolhatóságát”, ezért „annak a szabálynak a felülvizsgálatát javasolta, [amely alapján] a legfőbb ügyész a mandátumának lejárata után is hivatalban maradhat, amennyiben nem választják meg az utódját”. A GRECO továbbá azt is tanácsolta, hogy az „önkényes döntések elkerülése érdekében” az egyedi ügyeknek az ügyésztől történő elvonására szigorú feltételeket írjanak elő.

A kormány nemrég bocsátotta vitára a büntetőeljárásról szóló új törvény szakmai tervezetét. Alapvetően nem a büntetőeljárási törvény feladata az ügyészség, jelenleg igencsak hiányos átláthatóságából fakadó problémáknak az orvoslása. Arra azonban alkalmas a Be., hogy megerősítse az ügyészek tevékenységét védő garanciákat és javítsa az ügyészség működésének a számonkérhetőségét. A TI az alább elérhető véleményében foglalta össze az átláthatóbb ügyészség érdekében szükséges minimális követelményeket.