A Transparency International Magyarország többször készített átfogó helyzetelemzést az állami intézményrendszer átláthatóságáról és elszámoltathatóságáról Magyarországon. Az ún. Nemzeti Integritás Tanulmány (National Integrity System – NIS) célja, hogy a korrupciós helyzetek kialakulását lehetővé tevő jogszabályi hiányosságokat és gyakorlati hibákat azonosítsuk, és orvoslásukra javaslatokat fogalmazzunk meg.
Az NIS módszertanát a Transparency International fejlesztette ki, és több mint 50 országban tesztelte világszerte. A módszertan különlegessége, hogy a nemzeti integritás rendszerét nem csak elméleti szempontból vizsgálja a jogszabályi környezet tanulmányozásával, hanem ugyanakkora hangsúlyt fektet a gyakorlat kutatására is. A Transparency International alapelveivel összhangban a tanulmányban nem nevezünk meg, és nem vizsgálunk konkrét eseteket, a rendszer működésének feltérképezésére koncentrálunk.
A Nemzeti Integritás Tanulmány átfogó módon tekinti át a köz- és a magánszektor funkcióit és struktúráját, így képet mutat arról, hogy mennyire működnek megfelelően a korrupció elleni fellépést elősegítő kontroll-rendszerek az egyes országokban. Az NIS továbbá azonosítja a hiányosságokat, illetve a kutatási eredmények alapján ajánlásokat fogalmaz meg, amelyek a későbbiekben jogszabály-változtatások, átfogó intézkedések alapjául szolgálhatnak. A vizsgálandó ún. pillérek között megtalálható többek között a törvényalkotás, a közigazgatás és az igazságszolgáltatás, a korrupció ellen közvetlenül fellépő specializált intézmények, illetve a jogállam alapintézményei, így az ombudsman és a számvevőszék is. Az NIS szintén vizsgálja a politikai pártok, az üzleti szektor, a civil szervezetek és a média helyzetét, működését.
A Nemzeti Integritás Tanulmány első része a közszféra intézményeire koncentrál. A 2007. december 12-én megjelent tanulmány sajtótájékoztatóján felszólalt Bod Péter Ákos, a Budapesti Corvinus Egyetem oktatója, Hack Péter, az Eötvös Loránd Tudományegyetem Állam- és Jogtudományi Karának oktatója, és Marschall Miklós, a Transparency International regionális igazgatója.
A tanulmány második része az üzleti szektor korrupciós mechanizmusait elemzi. A 2008. június 9-én tartott sajtótájékoztatón felszólalt Nagy Zoltán, a Gazdasági Versenyhivatal elnöke és Jermyn Brooks, a Transparency International Üzleti Programok igazgatója.
2010 és 2012 között a Nemzeti Integritás Rendszerek vizsgálatára került sor 25 európai országban. Az európai szintű kutatásban való részvétel keretében a második magyar NIS kutatás készült el, amely a közszférára fókuszál.
A független intézmények feletti túlzott politikai befolyás rendszerszintű korrupciós kockázatokat eredményez a visegrádi országokban is, ez derült ki a Visegrad Integrity System nevű tanulmányból.